O PNIG abrange o segmento do rio Paraná entre a foz do rio Ívai e a cidade de Guaíra, Estado do Paraná, perfazendo a extensão de, aproximadamente, 140 km, que é o ultimo trecho não represado do Rio Paraná. Ao longo deste trecho desembocam quatro de seus afluentes mais importantes: na margem direita, Estado do Mato Grosso do Sul, os rios Amambai e Iguatemi; na margem esquerda, estado do Paraná, os rios Ívai e Piquiri. Um pouco mais à montante do extremo norte do Parque desemboca, também na margem direita, o rio Ivinhema, cujas várzeas e pântanos formados com o encontro do rio Paraná também são protegidos por uma unidade de conservação estadual: o Parque Estadual das Várzeas do Rio Ivinhema. Merecem destaque, também, outros rios menores. Assim, na margem direita do rio Paraná encontram – se os rios Maracaí, Pirajuí, e Morumbi e, na margem esquerda, os pequenos contribuintes da região são o Córrego do Veado, o rio Paracaí, e o Ribeirão São João.

A dinâmica de enchentes e vazantes em períodos naturais do rio Paraná é responsável pela formação e manutenção de uma grande variedade de ambientes naturais, que abrigam ecossistemas muito específicos e frágeis.

No interior da ilhas e da várzeas continental ocorrem lagoas da planície de inundação do rio Paraná, as quais, geralmente, possuem formas alongadas, quase paralelas ou obliquas ao sentido geral do rio Paraná. São antigos canais do Rio Paraná que foram fechados ao longo de anos por sedimentos depositados pelo rio em uma ou ambas as extremidades. Algumas das mais famosas são as Lagoas Saraiva Jatobá, dos Padres, São João, Azul, Encantada, do Sossego, Feia, e Xambrê. Elas são de extrema importância para a fauna regional, principalmente para os peixes, que as utilizam em parte dos seus ciclos de vida para reprodução, alimentação e descanso, entretanto através de seus canais que ligam ao rio Paraná ou aproveitando os períodos de enchentes, quando a lagoa esta isolada do rio.